肾结石的临床表现多样，常见的有疼痛，约有一半肾结石患者会出现肾区疼痛，疼痛程度不一，有的是隐痛，有的较为剧烈，呈阵发性发作。同时，血尿也是常见表现，肉眼可见的血尿并不多见，多数是镜下血尿，也就是通过尿常规检查能发现红细胞。
疼痛表现：
肾区隐痛： 这种隐痛通常是间歇性的，可能在患者长时间活动、劳累后出现，疼痛程度相对较轻，容易被忽视。比如一些长期从事重体力劳动的人，可能会觉得腰部有点酸困，但不会马上联想到是肾结石引起的。肾绞痛： 这是比较典型的肾结石疼痛表现，多在活动后或夜间突然发生。疼痛非常剧烈，像刀割一样，常放射至下腹部、腹股沟、大腿内侧等部位。发作时患者往往难以忍受，坐立不安，还可能伴有恶心、呕吐等症状。一般持续几分钟到数小时不等。
血尿情况：
镜下血尿： 绝大部分肾结石患者会有镜下血尿，这是因为结石在肾脏内移动时，会损伤肾盂、输尿管黏膜，导致红细胞渗出。通过显微镜观察尿液，可以发现有红细胞存在。例如，在进行常规体检做尿常规检查时，可能就会发现镜下血尿的情况。肉眼血尿： 相对较少见，当结石对黏膜的损伤比较严重时，才会出现肉眼可见的血尿，尿液颜色像洗肉水一样。但肉眼血尿出现时，往往提示结石引起的损伤比较明显，需要及时就医处理。
其他伴随症状：
尿路感染症状： 如果肾结石合并尿路感染，患者会出现尿频、尿急、尿痛等症状。这是因为细菌在有结石的泌尿系统内滋生繁殖，刺激尿路黏膜导致的。比如有的患者不仅有肾结石，还会反复出现尿频、尿急的情况，去检查发现同时有尿路感染。排尿异常： 结石如果位于输尿管末端，可能会引起尿路梗阻，导致排尿困难，尿流中断等情况。部分患者会感觉排尿不顺畅，需要用力才能排出尿液，严重时可能出现尿潴留。