靶向治疗的基因检测包括免疫组化染色、荧光原位杂交、基因测序这三种方式，具体如下：
一、免疫组化检测：通过获取患者的肿瘤组织并进行免疫组化染色，可以观察某些基因的蛋白表达情况。比如在乳腺癌或胃癌中观察c-erbB-2的表达，在肺癌中观察ALK的表达是否增高，从而判断患者是否存在基因变异，进而确定是否可以使用曲妥珠单抗、克唑替尼等靶向药物进行治疗。
1.以乳腺癌或胃癌为例，可检测c-erbB-2表达情况。
2.以肺癌为例，可检测ALK表达情况。
二、荧光原位杂交：当c-erbB-2表达为(++)时，为进一步明确HER2基因是否存在扩增，就需要进行荧光原位杂交检测。若荧光原位杂交结果显示有HER2基因扩增，即可确定HER2基因阳性，能够采用曲妥珠单抗或联合帕托珠单抗进行治疗。
1.是对c-erbB-2表达为(++)情况的进一步检测。
2.确定HER2基因阳性后的治疗药物选择。
三、基因测序：可以采取病人的血液、肿瘤组织、胸腔积液、脑脊液等标本，通过基因测序来明确是否存在基因突变、重排、融合、缺失等变异情况，从而为靶向药物的选择提供指导。
1.可采集多种标本。
2.明确基因的具体变异情况用于指导靶向药物选择。
总结概况提示：靶向治疗的基因检测有多种方式，免疫组化染色可检测基因蛋白表达，荧光原位杂交用于进一步明确特定基因情况，基因测序能全面了解基因变异，这些检测对于靶向药物的应用和选择具有重要意义。