靶向治疗的基因检测包括免疫组化染色、荧光原位杂交、基因测序这三种方式，具体如下：
一、免疫组化检测：通过获取患者的肿瘤组织进行免疫组化染色，能够观察特定基因的蛋白表达状况。例如，乳腺癌或胃癌中c-erbB-2的表达、肺癌中ALK的表达是否升高，从而判断患者是否存在基因变异，以确定能否使用曲妥珠单抗、克唑替尼等靶向药物进行治疗。
1.以乳腺癌或胃癌为例，c-erbB-2表达的检测可帮助确定是否存在基因变异。
2.肺癌中ALK表达的检测对于靶向药物治疗决策也具有重要意义。
二、荧光原位杂交：若c-erbB-2表达为(++)，为进一步明确HER2基因是否存在扩增，就需要进行荧光原位杂交检测。一旦荧光原位杂交结果显示有HER2基因扩增，即可确定HER2基因阳性，便能采用曲妥珠单抗或联合帕托珠单抗进行治疗。
1.说明在特定情况下进行荧光原位杂交检测的原因。
2.解释检测结果与治疗方案的关联。
三、基因测序：采集病人的血液、肿瘤组织、胸腔积液、脑脊液等标本，借助基因测序可明确是否存在基因突变、重排、融合、缺失等变异情况，进而为靶向药物的选择提供指导。
1.列举可采集的标本类型。
2.强调基因测序对靶向药物选择的关键作用。
总结：靶向治疗的基因检测通过免疫组化染色、荧光原位杂交、基因测序这几种方式，能分别从不同角度判断基因变异情况，从而为相应靶向药物的使用提供依据，对于精准治疗具有重要意义。