早晨拉肚子可能由多种原因引起。比如，约有10%-15%的肠易激综合征患者会出现早晨拉肚子的情况，这是一种常见的功能性肠道疾病。
饮食因素导致
前一天饮食刺激： 如果前一天吃了过多辛辣、油腻的食物，像麻辣烫、油炸鸡腿等，这些难以消化的食物会刺激肠道，导致早晨拉肚子。而且如果前一天进食了不洁食物，比如变质的水果，其中的细菌、病毒等会感染肠道，引发炎症反应，进而在早晨出现拉肚子症状。乳糖不耐受： 有些人体内缺乏乳糖酶，无法很好地消化牛奶等含乳糖的食物。如果早晨喝了牛奶，就可能因为乳糖不耐受而出现拉肚子情况，一般在饮用后30分钟 - 2小时内就会有反应。
肠道疾病影响
肠炎： 慢性肠炎患者的肠道黏膜处于受损状态，早晨时肠道蠕动相对活跃，加上夜间肠道内可能会有一些分泌物积聚，就容易刺激肠道导致拉肚子。例如溃疡性结肠炎患者，除了早晨拉肚子，还可能伴有黏液脓血便等症状。肠结核： 由结核分枝杆菌感染肠道引起，患者也常常会出现早晨拉肚子的情况，同时可能伴有低热、盗汗、乏力等全身症状，一般持续时间较长，会超过2周以上。
内分泌及其他系统问题
甲状腺功能亢进： 甲状腺功能亢进患者体内甲状腺激素水平过高，会加快机体的新陈代谢，包括肠道的蠕动速度，从而导致早晨拉肚子。这类患者通常还会有多食、消瘦、心慌等症状，甲状腺功能检查会发现甲状腺素水平异常升高。腹部着凉： 夜间睡眠时腹部保暖不当，比如踢开被子，腹部受到寒冷刺激，会引起肠道痉挛，导致早晨拉肚子。这种情况一般通过保暖后症状会有所缓解，但如果持续不缓解也需要就医检查。