早晨拉肚子可能由多种原因引起。比如，约20%-30%的肠易激综合征患者会出现晨起腹泻的情况。
一、肠道功能紊乱
饮食因素： 前一天吃了过多生冷、油腻的食物，比如晚餐吃了大量冰淇淋、油炸食品等，可能会刺激肠道，导致早晨拉肚子。一般前一天饮食不注意后，第二天晨起就可能出现腹泻表现。生物钟影响： 人体的肠道有自身的生物钟，若生物钟紊乱，也可能导致早晨拉肚子。比如经常熬夜、作息不规律的人，肠道生物钟被打乱，就容易在早晨出现腹泻。
二、肠道炎症
慢性肠炎： 患有慢性肠炎时，肠道黏膜处于炎症状态，早晨时肠道蠕动相对活跃，炎症刺激肠道就容易引起腹泻。慢性肠炎患者可能长期有腹泻症状，早晨较为明显。感染性肠炎： 如细菌、病毒感染引起的肠炎，在早晨也可能出现拉肚子的情况。例如被大肠埃希菌感染后，肠道会出现炎症反应，晨起时可能就会有腹泻症状，可能还伴有腹痛、发热等表现。
三、其他疾病因素
甲状腺功能亢进： 甲状腺功能亢进患者甲状腺激素分泌过多，会加快机体新陈代谢，包括肠道的蠕动速度，从而导致早晨拉肚子。这类患者除了晨起腹泻外，还可能有多食、消瘦、心慌等症状。肝胆疾病： 比如慢性胆囊炎、慢性肝炎等，会影响胆汁的分泌和排泄，进而影响脂肪的消化吸收，导致早晨拉肚子。患者可能还会有右上腹不适、黄疸等表现。