大便肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，很可能是外痔水肿或血栓形成，可出现肛门疼痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，发生水肿、感染、坏死时，可出现肛门疼痛。
4.肛管直肠周围脓肿：起病急，且逐渐加重，患者肛门周围有肿块，疼痛明显，还可能伴有发热、寒战等全身症状。
5.肛窦炎：通常表现为肛门部下坠感，伴有疼痛，排便时加重，可向臀部、大腿部放射。
6.直肠癌：肛管直肠癌破溃感染，容易引起肛门直肠周围脓肿，导致疼痛。
7.肛门异物损伤：如鱼刺、鸡骨等，吞咽后导致鱼刺、鸡骨等卡在食道，会引起吞咽困难、胸骨后疼痛等症状。如果鱼刺、鸡骨等划伤肛管直肠，也会引起肛门疼痛。
8.肛门直肠神经官能症：阴部神经症候群、直肠炎症等均可引起肛门疼痛，临床上常将其称为肛门直肠神经官能症。
9.其他：肛管或直肠的肿瘤、溃疡性结肠炎、克隆氏病等也可引起肛门疼痛。
如果出现大便肛门疼痛，应及时就医，明确原因，以便进行针对性治疗。