病态窦房结综合征最主要的临床表现是心率缓慢相关的症状，比如轻者可能有头晕、乏力、胸闷等表现，严重时可能出现黑矇、晕厥等。
心率缓慢引发的循环系统表现
轻度心率减慢时：患者可能会感觉自己的心跳比平常慢，从而出现乏力的情况，活动耐力也会下降，比如爬几层楼梯就会比以往更容易气喘。严重心率过慢时：会导致重要脏器供血不足，引发黑矇，也就是眼前发黑，严重的可能发生晕厥，这是因为大脑突然缺血缺氧所致。
伴随的其他系统表现
神经系统表现：当因为心率过慢出现脑供血不足时，除了黑矇、晕厥外，还可能有记忆力减退的情况，长期下来对认知功能会有一定影响。消化系统表现：由于全身供血不足，消化系统也会受到牵连，可能出现食欲减退的现象，进食量比平时减少。
症状发作的特点
间歇性发作：病态窦房结综合征引起的相关症状往往不是持续存在的，而是间歇性发作。比如可能在某段时间内频繁出现头晕、乏力，过一段时间又相对缓解，但之后又可能再次发作。与活动关系不明确：有些患者的症状发作和活动量的大小并没有明显的关联，有时候休息时也会出现不适症状，这和一些因运动导致心肌缺血而出现症状的疾病有所不同。