肛疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中约70%~90%的肛疣与低危型HPV6、11型感染有关。
感染途径方面
性传播：这是肛疣最主要的传播途径。有多个性伴侣、不洁性行为的人群，感染HPV引发肛疣的风险会明显增加。比如，在没有安全防护措施的高危性行为中，病毒很容易通过皮肤或黏膜的接触传播到肛门周围，从而引发肛疣。间接接触传播：接触了被HPV污染的物品也可能感染。比如共用毛巾、浴盆等个人卫生用品，虽然这种情况感染的几率相对较低，但在公共浴室、宾馆等卫生条件较差的场所，仍存在感染风险。
自身因素方面
免疫力低下：当人体免疫力较弱时，比如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，身体对HPV的清除能力下降，就更容易感染并患上肛疣。例如，艾滋病患者由于免疫系统受损，感染HPV后发展为肛疣的可能性比正常人高很多。局部皮肤黏膜受损：肛门周围皮肤黏膜如果有破损，比如有肛裂等情况，这时候HPV更容易侵入并感染，从而增加肛疣的发病几率。比如本身有肛裂的患者，肛门周围皮肤黏膜屏障功能被破坏，感染HPV后就更易出现肛疣。
其他因素方面
卫生习惯不佳：长期不注意肛门周围的清洁卫生，会使肛门周围环境利于HPV存活和繁殖，增加感染风险。比如不经常清洗肛门、更换内裤不勤等，都可能为HPV感染创造条件。年龄因素：青壮年人群相对更容易感染HPV引发肛疣。这可能与这个年龄段性活动较为活跃有关，当然也不是绝对的，各个年龄段都有可能发病，只是青壮年相对高发一些。