三叉神经痛是一种常见的脑神经疾病，其发病原因较为复杂。目前认为，约有90%左右的原发性三叉神经痛是由于颅内血管压迫三叉神经导致的，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管与三叉神经根部接触，长期压迫会使神经脱髓鞘，从而引发异常冲动，导致疼痛发作。
血管压迫因素：
血管与神经接触： 颅内的血管，像小脑上动脉，它在走行过程中可能会与三叉神经的根部发生接触。随着年龄增长，血管会出现一定程度的硬化，弹性下降，这种接触就更容易对三叉神经造成压迫。据研究发现，在中老年人群中，因血管压迫引发三叉神经痛的比例相对较高。血管搏动刺激： 血管有搏动性，不断地刺激三叉神经，会干扰神经的正常传导。这种长期的刺激会使神经的电生理特性发生改变，使得神经信号传递出现紊乱，进而引发剧烈的疼痛。
神经脱髓鞘改变：
髓鞘受损原因： 当三叉神经受到血管压迫或者其他一些因素影响时，神经的髓鞘会受到损伤。髓鞘就像是神经的“绝缘层”，它受损后，神经的电信号传导就会变得异常。例如，正常情况下神经传导是有序的，髓鞘受损后，神经纤维之间的电信号会出现短路现象，导致神经异常放电。异常冲动产生： 神经脱髓鞘后，神经纤维之间的正常绝缘被破坏，相邻纤维之间容易发生电信号的串扰，从而产生大量的异常冲动。这些异常冲动不断传递到大脑，就会让患者感觉到剧烈的疼痛，而且这种疼痛往往是突发突止、非常尖锐的。
其他可能因素：
肿瘤压迫： 颅内的一些肿瘤，比如三叉神经鞘瘤等，也可能会压迫三叉神经，从而引发三叉神经痛。不过这种情况相对较少见，大约占所有三叉神经痛病例的1%左右。肿瘤不断生长，会对周围的神经组织造成压迫，影响神经的正常功能，进而导致疼痛症状出现。颅骨病变： 颅骨的一些病变，像颅骨骨折、颅骨骨瘤等，也可能会波及三叉神经，引起疼痛。例如颅骨骨折后，骨折碎片可能会刺激到三叉神经，导致神经功能紊乱，引发疼痛。不过这类由颅骨病变引起的三叉神经痛发生率比较低。