隐匿性阴茎的病因包括先天性因素和后天性因素。
一、先天性因素主要有两方面：
1.阴茎内膜发育异常，阴茎内膜本应具有良好的伸缩性，若小孩的阴茎内膜增厚、增粗，会致使纤维索带失去弹性，从而使阴茎伸缩受到限制。
2.阴茎内膜附着异常，阴茎内膜附着于阴茎体前端或者阴茎颈，会导致阴茎外观呈锥形，这主要是由于在怀孕早期使用了保胎药物，比如黄体酮、保胎中药等。此外，接触雌激素物质也可能引发。
二、后天性因素常见的有：
1.包皮环切术后瘢痕性狭窄束缚阴茎，使其不能向前增长。
2.肥胖，肥胖儿童耻骨前脂肪大量堆积，阴茎隐匿于脂肪之下，进而造成阴茎外观短小。
总之，隐匿性阴茎的病因较为复杂，先天性因素和后天性因素都可能导致其发生。在诊断和治疗时，需要综合考虑各种因素，以便采取合适的措施。