隐匿性阴茎的病因包括先天性因素和后天性因素。
一、先天性因素主要体现在以下两个方面：1.阴茎内膜发育异常：阴茎内膜具备良好的伸缩性，若小孩的阴茎内膜增厚、增粗，会致使纤维索带失去弹性，进而使阴茎伸缩受到限制。2.阴茎内膜附着异常：阴茎内膜附着于阴茎体前端或阴茎颈，会使阴茎外观呈锥形，这主要是由于怀孕早期使用保胎药物如黄体酮、保胎中药等导致的，此外，接触雌激素物质也可能引发。
二、后天性因素常见的有：1.包皮环切术后瘢痕性狭窄束缚阴茎，导致其不能向前增长
2.肥胖：肥胖儿童耻骨前脂肪大量堆积，阴茎隐匿于脂肪之下，从而造成阴茎外观短小。
总的来说，隐匿性阴茎的病因较为复杂，有先天性的发育异常和后天性的多种因素，了解这些病因对于诊断和治疗隐匿性阴茎具有重要意义。