阴茎上有水泡，还有点疼，可能是以下原因引起：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。感染后会在阴茎、龟头、冠状沟等部位出现水疱，伴有疼痛、瘙痒等症状。生殖器疱疹容易复发，需要长期治疗。抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，可用于治疗生殖器疱疹。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌感染或局部刺激引起。表现为阴茎头和包皮内板红肿、疼痛、水疱、糜烂等。治疗方法包括保持局部清洁、使用抗生素或抗真菌药物。
3.接触性皮炎：由于接触某些过敏物质或刺激性物质引起。可能在阴茎上出现水疱、红斑、瘙痒等症状。应避免接触过敏原，使用糖皮质激素软膏等治疗。
4.其他原因：如白塞氏病、性病等也可能导致阴茎上出现水疱和疼痛。
如果出现阴茎上有水泡并伴有疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断，并根据具体情况进行治疗。同时，要注意保持局部清洁，避免搔抓和摩擦，避免不洁性行为。