阴茎上有水泡且伴有疼痛可能由以下原因引起：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。感染后会出现水疱、疼痛、瘙痒等症状，水疱可能会破溃、糜烂、结痂。生殖器疱疹容易复发，需要长期治疗。抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，可用于治疗生殖器疱疹。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌感染或局部刺激引起。表现为龟头和包皮上出现红斑、水疱、糜烂、渗出等，伴有疼痛或瘙痒。治疗方法包括保持局部清洁、使用抗生素或抗真菌药物。
3.接触性皮炎：由于对避孕套、避孕膏等某些物质过敏，或使用刺激性药物、清洁剂等导致。表现为阴茎上出现红斑、水疱、瘙痒等。应避免接触过敏原，使用糖皮质激素软膏等治疗。
4.其他：如白塞病、固定性药疹等也可能导致阴茎上出现水疱伴疼痛。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，明确诊断，并根据具体病因进行治疗。同时，注意个人卫生，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。