病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，常见的引发病毒有肠道病毒，约占病毒性脑炎病因的1/3左右。
病毒的直接入侵
常见致病病毒： 单纯疱疹病毒是较为常见的引发病毒性脑炎的病毒之一。它可以通过呼吸道等途径进入人体，然后侵袭神经系统，引发炎症反应。另外，水痘 - 带状疱疹病毒在人体免疫力下降时，也有可能重新激活，侵犯中枢神经系统导致病毒性脑炎。
人体免疫反应的影响
儿童易感性较高： 儿童的免疫系统相对尚未完全发育成熟，对病毒的抵御能力较弱，所以儿童患病毒性脑炎的几率相对较高。例如，在一些病毒流行季节，儿童接触到相关病毒后，更容易受到病毒侵袭引发脑炎。老年人抵抗力弱： 老年人随着年龄增长，身体的免疫功能逐渐衰退，对病毒的清除能力下降。当感染病毒时，身体难以迅速有效地进行免疫防御，也就更容易患上病毒性脑炎。
病毒的传播途径相关因素
呼吸道传播相关： 像肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒等，可通过呼吸道飞沫传播。如果在人群密集的场所，如学校、幼儿园等，人们接触到含有这些病毒的飞沫，就增加了感染风险，进而可能引发病毒性脑炎。接触传播相关： 一些病毒还可以通过密切接触传播。比如，单纯疱疹病毒可以通过口唇 - 口唇接触等密切接触方式传播。如果健康人接触了感染单纯疱疹病毒患者的疱疹液等，就有可能被感染，然后病毒进一步侵犯神经系统引发脑炎。