病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，常见的引发病毒有肠道病毒、单纯疱疹病毒等。据统计，肠道病毒感染是儿童病毒性脑炎较常见的原因之一。
一、病毒的直接入侵
肠道病毒引发： 肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒等，常通过消化道进入人体，然后经血行播散到达中枢神经系统，从而引发病毒性脑炎。这类病毒感染在夏秋季较为多见，因为此时肠道病毒活跃，且人们的卫生习惯相对容易出现问题，增加了感染风险。单纯疱疹病毒引发： 单纯疱疹病毒1型可引起成人和儿童的病毒性脑炎，它可以通过呼吸道等途径侵入人体，然后潜伏在神经节内，当人体免疫力下降时，病毒被激活，就会沿着神经侵入中枢神经系统，导致脑炎发生。
二、病毒感染后的免疫反应影响
自身免疫参与： 病毒感染人体后，免疫系统会被激活来对抗病毒，但有时免疫系统的过度反应也可能损伤自身脑组织。例如，在一些病毒性脑炎患者体内，会出现异常的免疫细胞攻击自身神经组织的情况，导致脑组织炎症进一步加重，影响神经功能。儿童免疫力特点： 儿童的免疫系统相对不完善，对病毒的抵御能力较弱，所以儿童患病毒性脑炎的几率相对较高。而且儿童在感染病毒后，免疫反应的调节可能不如成人稳定，更容易出现免疫反应失调导致脑炎加重的情况。
三、其他相关因素
基础疾病影响： 本身有免疫缺陷疾病的人，如艾滋病患者，由于自身免疫系统存在缺陷，更容易受到各种病毒的侵袭，包括引发病毒性脑炎的病毒。他们感染病毒后，身体难以有效抵抗，从而增加了患病毒性脑炎的风险。季节与环境因素： 不同季节流行的病毒种类有所不同，像在夏季，蚊虫叮咬可能传播乙脑病毒，从而引发乙型脑炎这种病毒性脑炎。另外，居住环境拥挤、卫生条件差等情况也会增加病毒传播的机会，使人们感染病毒性脑炎的可能性增大。