肾结石形成的原因有多种，其中尿液中某些物质浓度过高是关键。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成肾结石。一般来说，大约有80%的肾结石是含钙结石。
代谢异常导致
尿液中成分比例失调： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量过多，而枸橼酸、镁等抑制结石形成的物质含量过少时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的正常承载能力，多余的钙就可能与其他物质结合形成结石。特定代谢疾病影响： 像原发性甲状旁腺功能亢进症患者，会出现血钙增高、尿钙排出增加，从而增加肾结石的形成风险；还有胱氨酸尿症患者，由于肾小管转运功能异常，导致尿中胱氨酸浓度升高，容易形成胱氨酸结石。
局部因素引发
尿路梗阻问题： 当尿路存在狭窄、肿瘤、前列腺增生等情况时，会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内潴留，使得尿液中的结晶物质更容易沉积下来形成结石。比如输尿管狭窄的患者，尿液通过受阻，就容易在狭窄部位上方形成结石。尿路感染作祟： 一些细菌、病毒等病原体感染尿路后，细菌等会作为核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积，进而形成结石。而且感染还会改变尿液的酸碱度，影响结石的形成环境。例如，变形杆菌感染可使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙结石形成。
饮食与生活习惯相关
高嘌呤饮食影响： 长期大量食用动物内脏、海鲜、肉类等富含嘌呤的食物，会使体内尿酸生成增多，尿酸经尿液排出，当尿酸浓度过高时，就容易形成尿酸结石。有研究表明，每天摄入大量高嘌呤食物的人，患尿酸结石的风险比一般人高很多。饮水不足的情况： 如果每天饮水量少于1500毫升，尿液会浓缩，尿液中各种矿物质的浓度相对升高，就容易析出结晶形成结石。比如，一些从事高温作业的人，由于出汗多但饮水少，就比较容易长肾结石。