新生儿拉肚子的原因包括消化不良、肠道菌群失调、肠炎等，需根据具体原因遵医嘱用药，具体如下：
一、消化不良：新生儿消化能力相对较弱，易出现消化不良进而导致拉肚子。可使用的药物包括四磨汤口服液、蒙脱石散、双歧杆菌等。其中四磨汤口服液能顺气降逆、消积止痛，可帮助改善消化功能；蒙脱石散对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素等有固定、抑制作用，可止泻；双歧杆菌可调节肠道菌群。
二、肠道菌群失调：肠道内有害细菌增多可能引发拉肚子。可给予益生菌如布拉氏酵母菌、枯草杆菌二联活菌颗粒等，同时结合蒙脱石散止泻。布拉氏酵母菌可调节肠道菌群平衡，枯草杆菌二联活菌颗粒含有多种有益菌，能改善肠道微生态。
三、肠炎：肠道受到细菌感染可引起拉肚子。治疗药物有头孢克洛颗粒、蒙脱石散、布拉氏酵母菌等。若腹泻严重，还需静脉滴注补充葡萄糖、氯化钾等，以防脱水和电解质紊乱。头孢克洛颗粒可抗菌消炎，葡萄糖能提供能量，氯化钾可维持电解质平衡。
总之，新生儿拉肚子不可自行随意用药，必须在医生指导下进行相应治疗。同时要密切观察新生儿的症状变化，如有异常应及时就医。