扁桃体发炎主要是由病原体感染引起的，其中细菌和病毒是常见的致病原。比如A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较为常见的细菌病原体，而病毒方面，像鼻病毒、腺病毒等都可能导致扁桃体发炎，大约有60%的扁桃体发炎是由病毒引起的。
病原体感染因素
细菌感染： 最常见的细菌是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。这些细菌通常是通过飞沫传播或者直接接触等方式侵入人体的扁桃体，在扁桃体隐窝内繁殖，从而引起炎症反应。病毒感染： 多种病毒都能导致扁桃体发炎，像鼻病毒、腺病毒、EB病毒等。例如腺病毒感染时，除了会引起扁桃体发炎，还可能伴随发热、咳嗽等症状；鼻病毒感染引发的扁桃体发炎，可能会有鼻塞、流涕等上呼吸道卡他症状。
自身抵抗力因素
免疫力低下时易发病： 当人体自身免疫力下降时，比如过度疲劳、长期睡眠不足、营养不良等情况，就更容易受到病原体的侵袭而引发扁桃体发炎。例如长期熬夜的人，身体免疫力会降低，相比作息规律的人，患扁桃体发炎的几率会更高。儿童和青少年更易受影响： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，相对较弱，所以他们患扁桃体发炎的频率比成年人更高。比如5 - 15岁的儿童，扁桃体是免疫器官，这个阶段接触外界病原体的机会较多，容易出现扁桃体发炎的情况。
环境因素影响
空气污染刺激： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，降低扁桃体的防御能力，增加扁桃体发炎的风险。例如在工业污染严重的地区，居民患扁桃体发炎的概率可能会比环境好的地区高一些。季节变化影响： 在季节交替的时候，气温变化较大，人体容易受凉，从而导致机体抵抗力下降，这时候就容易引发扁桃体发炎。比如秋冬季节交替时，气温忽高忽低，很多人就会出现扁桃体发炎的情况。