习惯性流产指连续自然流产3次及3次以上者，其发生原因较多。据统计，约50% - 60%的习惯性流产与染色体异常有关，比如夫妻双方染色体存在平衡易位、罗氏易位等情况。
染色体异常因素
父母染色体问题： 如果夫妻双方其中一方或双方的染色体存在数目或结构异常，就容易导致胚胎染色体异常，进而引发习惯性流产。例如平衡易位携带者，他们的染色体片段位置发生了改变，但自身表型可能正常，却会在生殖细胞形成时产生异常配子，使得受精后胚胎染色体异常概率大大增加。胚胎染色体异常： 即使父母染色体正常，胚胎在发育过程中也可能因为各种因素出现染色体突变，比如受到辐射、化学物质等影响，导致胚胎染色体异常，无法正常发育而流产。
免疫因素影响
自身免疫异常： 母体自身免疫系统出现问题，产生针对胚胎的抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内存在抗磷脂抗体，会影响胎盘血管的正常功能，导致胎盘血栓形成、梗死，影响胚胎的血液供应，从而引发习惯性流产。研究发现，约10% - 20%的习惯性流产与抗磷脂抗体相关。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，不能正常接纳胚胎。正常妊娠时，母体免疫系统会对胚胎产生一定的免疫耐受，若这种耐受机制出现缺陷，就会将胚胎当作“异物”进行攻击，导致流产。
内分泌因素相关
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常，就可能增加习惯性流产的风险。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠。甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会影响母体的新陈代谢以及胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加流产的发生几率。
解剖因素所致
子宫畸形： 如先天性子宫纵隔、单角子宫等。子宫纵隔会占据宫腔的正常空间，影响胚胎的着床和发育；单角子宫的宫腔形态异常，内膜面积相对较小，不利于胚胎的生长，容易导致习惯性流产。据统计，子宫畸形导致的习惯性流产约占10% - 15%。宫腔粘连： 多次人工流产、刮宫等操作可能导致宫腔粘连，使宫腔容积减小，内膜损伤，影响胚胎的种植和发育，从而引发习惯性流产。