习惯性流产指连续3次及3次以上的自然流产，其发生原因较为复杂。据统计，约有40%-50%的习惯性流产与染色体异常有关。
遗传因素导致
染色体数目异常： 常见的有三体、单体等情况。比如21-三体综合征相关的染色体异常可能会增加习惯性流产的风险。如果夫妻双方有一方存在染色体平衡易位，也容易导致胚胎染色体异常，从而引发习惯性流产。染色体结构异常： 像染色体缺失、倒位等结构改变，会影响胚胎的正常发育，使得胚胎难以在子宫内着床或发育到正常孕周，进而导致流产。
解剖因素影响
子宫畸形： 例如双角子宫、纵隔子宫等。子宫的形态异常会影响宫腔内的环境，使胚胎的着床和生长受到限制。双角子宫由于宫腔形状不正常，胚胎着床后可能因为空间不足等原因发生流产；纵隔子宫则是宫腔被纵隔分隔，影响胚胎的正常发育空间。宫腔粘连： 多因宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜，导致宫腔部分或全部粘连。宫腔粘连会使宫腔容积减小，子宫内膜受损，影响胚胎的种植和发育，增加习惯性流产的几率。
内分泌因素作祟
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致流产。一般来说，黄体期短于12天或孕酮水平低于15ng/ml，就可能提示黄体功能不全。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会干扰胚胎的正常发育；甲状腺功能亢进则会使孕妇代谢亢进，也不利于胚胎的稳定着床和发育，增加习惯性流产的发生风险。
免疫因素干扰
自身免疫性抗体异常： 如抗心磷脂抗体阳性等。抗心磷脂抗体可通过影响胎盘血管的血栓形成，阻碍胎盘的血液供应，使胚胎得不到充足的营养和氧气，从而导致流产。同种免疫异常： 孕妇体内对胚胎产生免疫排斥反应。母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，使得胚胎无法在子宫内正常生长发育，进而引发习惯性流产。这种情况在一些不明原因的习惯性流产中较为常见。