混合性结缔组织病的病因目前尚未完全明确，但一般认为与遗传因素、环境因素以及免疫异常等多方面有关。有研究显示，遗传易感性在其发病中起到一定作用，携带某些基因的人群发病风险可能相对较高。
遗传因素方面
基因关联：多项研究发现，混合性结缔组织病与某些人类白细胞抗原（HLA）基因相关。例如，HLA - DR2、HLA - DR3等基因位点可能与该病的易感性有关。有数据表明，携带这些特定HLA基因的人群，患混合性结缔组织病的概率比不携带的人群要高一些。家族聚集性：部分患者有家族聚集现象，提示遗传因素在疾病发生中起到一定作用。如果家族中有亲属患有混合性结缔组织病，那么其他家族成员患病的风险可能会增加，但具体的遗传模式还不十分清晰，不是简单的孟德尔遗传方式，而是多基因参与的复杂遗传过程。
环境因素方面
感染因素：某些病毒感染可能与混合性结缔组织病的发病有关。比如，EB病毒、细小病毒B19等感染可能会触发机体的免疫反应，进而导致自身免疫紊乱，引发混合性结缔组织病。有研究发现，在一些混合性结缔组织病患者的体内，可检测到与这些病毒相关的抗体，提示病毒感染可能是诱发疾病的一个环境诱因。化学物质接触：长期接触某些化学物质也可能增加患病风险。例如，长期接触有机溶剂、某些染发剂等化学物质的人群，患混合性结缔组织病的可能性相对较高。不过，具体的作用机制还需要进一步深入研究，目前只是发现了这种接触与疾病之间存在一定的关联。
免疫异常方面
自身抗体产生：患者体内会产生多种自身抗体，如抗核抗体（ANA）、抗U1核糖核蛋白抗体（抗U1 - RNP抗体）等。其中，抗U1 - RNP抗体对混合性结缔组织病具有较高的特异性。这些自身抗体的产生会导致机体的免疫调节失衡，免疫系统错误地攻击自身组织，引发炎症反应，从而导致结缔组织受损，出现混合性结缔组织病的一系列临床表现，如关节疼痛、肿胀、皮肤病变等。免疫细胞功能异常：T淋巴细胞和B淋巴细胞等免疫细胞的功能也可能出现异常。T淋巴细胞的亚群失衡，比如辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的平衡失调，可能会导致免疫反应的过度激活或抑制。B淋巴细胞的异常活化会产生过多的自身抗体，进一步加重免疫紊乱，参与混合性结缔组织病的发病过程。