卵巢囊肿的治疗方式需根据囊肿的性质、大小等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且考虑为生理性囊肿的，可定期复查，通常观察2 - 3个月经周期后再复查超声，部分生理性囊肿可能会自行消失。
生理性囊肿的观察随访
小而无症状的生理性囊肿： 像卵泡囊肿、黄体囊肿等，多在月经周期变化中出现和消失。一般建议在月经干净后3 - 7天内复查超声，如果囊肿缩小或消失，通常不需要特殊治疗，继续定期随访即可。比如在月经周期第10天左右发现的卵泡囊肿，到月经干净后再复查，很多就会消失。随访中的注意事项： 在观察随访期间，如果出现下腹部疼痛、囊肿突然增大等情况，要及时就医。
良性囊肿的手术治疗
囊肿较大或持续存在的良性囊肿： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月经周期，考虑为良性但有手术指征时，可选择手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后1周左右基本能恢复正常活动。例如直径6厘米的卵巢巧克力囊肿，多会建议手术治疗。手术相关注意： 手术前要完善各项检查，如血常规、凝血功能、肝肾功能等，评估身体状况是否能耐受手术。术后要注意伤口护理，避免感染，按照医生要求进行康复。
恶性囊肿的综合治疗
恶性卵巢囊肿： 如果卵巢囊肿考虑为恶性，需要综合治疗。首先要进行手术，尽可能切除病灶，术后还需要根据病理类型等情况进行化疗等。比如卵巢癌患者，手术切除肿瘤后，通常需要进行6 - 8个周期的化疗。化疗可能会出现恶心、呕吐、脱发等不良反应，但现在有很多止吐等对症支持治疗的方法来减轻不良反应。
药物治疗辅助情况
辅助药物治疗： 对于一些特殊情况的卵巢囊肿，可能会辅助使用药物。比如子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，可能会使用GnRH - a类药物，这类药物可以抑制卵巢功能，减少雌激素分泌，使囊肿缩小。但使用GnRH - a类药物可能会出现潮热、骨质疏松等不良反应，一般连续使用不宜超过6个月，用药期间需要适当补充钙剂等。