怀孕三个月左边小腹隐隐作痛主要与以下因素有关：
一、子宫增大。孕妇在怀孕3个月时出现的小腹隐隐作痛可能源于子宫增大。这属于生理性疼痛。随着怀孕时间的推移，胎儿不断成长，孕妇的子宫会随之逐渐增大，而增大的子宫会持续对孕妇腹部形成压迫，最终致使孕妇出现左边小腹隐隐作痛之感，这是正常的生理现象。
二、先兆流产。女性在怀孕初期若出现先兆流产状况，也会引发左边小腹轻微疼痛，这种疼痛多数为坠痛，并且通常伴有阴道出血症状。
三、附件区牵拉疼。怀孕之后，随着子宫的增大，子宫周围的附件（输卵管、卵巢）和韧带会被动伸展，受到牵拉后可能会有隐隐作痛的感觉。一般不会伴有阴道出血。
四、胃肠道疾病。一些孕妇在孕早期若误食了变质食物或生冷刺激性食物，就可能出现肠痉挛现象，从而引起肚子疼。此外，急性胃炎、胃肠炎等疾病也可能成为怀孕初期肚子疼的原因之一。
总之，怀孕三个月左边小腹隐隐作痛的原因较为多样，需要根据具体情况进行分析和判断。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医检查，以确保孕妇和胎儿的健康。