生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）引起，治疗上常用抗病毒药物，一般发作时及时用药能在一定程度上缓解症状、缩短病程，比如口服阿昔洛韦等抗病毒药物，通常在发病后24 - 48小时内用药效果较好。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能抑制单纯疱疹病毒DNA合成，起到抗病毒作用，可用于初发或复发的生殖器疱疹治疗。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，疗效与阿昔洛韦相当，能有效减轻生殖器疱疹的症状和缩短病程。
局部治疗方法
外用药物： 可使用3%阿昔洛韦软膏或1%喷昔洛韦乳膏外涂，能减轻局部症状，促进疱疹消退。比如3%阿昔洛韦软膏，直接涂抹在患处，每天涂抹数次，能起到一定的抗病毒和缓解疼痛、促进愈合的作用。清洁护理： 保持患处清洁、干燥，可每天用生理盐水清洗患处，防止继发细菌感染。清洗时动作要轻柔，避免弄破疱疹，加重病情。
生活注意事项
避免性生活： 在生殖器疱疹发作期应避免性生活，防止病毒传播给他人。因为此时患者的疱液等含有大量病毒，容易通过性接触传染给伴侣。注意休息： 患者要注意休息，保证充足的睡眠，避免过度劳累，因为劳累等因素可能会导致机体免疫力下降，从而诱发或加重生殖器疱疹的发作。一般建议每天保证7 - 8小时的睡眠时间。增强免疫力： 平时要注意加强锻炼，均衡饮食，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜蔬菜、水果、瘦肉、鱼类等，以提高机体免疫力，有助于减少生殖器疱疹的复发。比如每周进行至少3次有氧运动，每次30分钟以上。