生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）引起，治疗上常用抗病毒药物来控制发作、减少复发等。一般来说，通过规范使用抗病毒药物等方法来进行治疗。
抗病毒药物选择
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能干扰单纯疱疹病毒DNA合成，起到抑制病毒复制的作用，可用于初发生殖器疱疹的治疗。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，能有效抑制生殖器疱疹病毒复制，减少复发频率。
发作期的一般处理
局部清洁： 发作时要保持患处清洁、干燥，可用生理盐水清洗患处，避免继发细菌感染。比如每天用生理盐水轻柔清洗患处1 - 2次。避免刺激： 患病期间要避免性生活，减少局部摩擦等刺激，防止疱疹破损加重病情或传染给他人。
预防复发的注意事项
增强免疫力： 日常生活中要注意劳逸结合，保证充足睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时，通过合理饮食、适度运动等来提高身体免疫力，有助于减少复发。比如每周进行3次左右中等强度运动，每次30分钟以上。避免诱因： 要尽量避免发热、受凉、劳累等诱发因素，这些因素可能会导致生殖器疱疹复发。比如在季节交替时注意增减衣物，避免熬夜等。如果频繁复发，每年发作6次以上，可以在医生评估后进行抑制疗法，长期服用抗病毒药物来减少复发次数。