囊肿型痘痘是比较严重的一种痘痘类型，治疗时可通过一般治疗、药物治疗、物理治疗等方式。一般来说，可采取多种综合方法来改善，通常需要数周甚至数月的时间来逐渐恢复。
一般治疗方面
皮肤清洁： 每天用温和的洁面产品清洁面部，但要注意不能过度清洁，以免破坏皮肤屏障。一般每天清洁1 - 2次即可。要选择适合自己肤质的洁面产品，比如油性皮肤可以选择控油型洁面产品，但不能过于刺激。饮食调整： 要少吃高糖、高脂肪及辛辣刺激性食物。高糖食物如糖果、甜饮料等，高脂肪食物如油炸食品等，吃多了可能会加重皮脂腺分泌油脂，从而加重囊肿型痘痘。例如，每天摄入的糖分最好控制在一定量内，像一杯奶茶中的糖分就可能较高，应尽量少喝。
药物治疗方面
外用药物： 可以使用过氧苯甲酰凝胶，它能够缓慢释放出新生态氧和苯甲酸，具有杀灭痤疮丙酸杆菌、抗炎的作用。还可以使用维A酸类药物，如阿达帕林凝胶，能改善毛囊皮脂腺导管角化、溶解微粉刺和粉刺，但使用初期可能会有轻度刺激反应，如局部红斑、脱屑，需要建立耐受，一般建议晚上使用。口服药物： 抗生素类药物如四环素类的米诺环素，可抑制痤疮丙酸杆菌的生长繁殖，发挥抗炎作用。还有异维A酸，它能减少皮脂腺分泌、调控毛囊皮脂腺导管角化、抗炎等，但异维A酸有致畸性，育龄期男女服药期间及停药后3个月内必须严格避孕。
物理治疗方面
红蓝光治疗： 红光可以穿过皮肤浅层组织，刺激细胞线粒体产生三磷酸腺苷，促进细胞新陈代谢；蓝光能杀灭痤疮丙酸杆菌。一般需要多次治疗，通常每周1 - 2次，一个疗程可能需要10次左右。光动力治疗： 是外用光敏剂经过光照后，产生单线态氧等物质，破坏皮脂腺细胞、杀灭痤疮丙酸杆菌、改善毛囊口角化。治疗过程相对复杂，可能需要根据患者情况进行多次治疗，且治疗后要注意防晒等。