结石的形成是多种因素共同作用的结果。以肾结石为例，通常来说，尿液中某些物质的浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成结晶，进而发展为结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了结石形成的风险。
一、代谢因素导致结石形成
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，使得尿液中钙的浓度升高，超过了尿液的溶解度，钙就会以结晶形式析出，逐渐形成结石。像一些原发性甲状旁腺功能亢进的患者，由于甲状旁腺激素分泌过多，会导致骨钙大量释放，使血钙升高，进而尿钙排出增多，增加肾结石形成的几率。尿pH值改变： 不同成分的结石喜好不同的pH值环境。比如，尿酸结石容易在酸性尿液中形成，而磷酸钙结石则易在碱性尿液中形成。当人体的酸碱平衡失调时，就可能影响结石的形成。例如，痛风患者由于尿酸生成过多或排泄减少，尿液呈酸性，容易形成尿酸结石。
二、局部因素引发结石
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在局部潴留，使得尿液中的成分更容易沉积形成结石。比如，输尿管狭窄、前列腺增生等疾病，都会引起尿路梗阻。尿液潴留后，其中的结晶物质就会逐渐沉积，久而久之形成结石。而且，梗阻还会导致感染的发生，感染又会促进结石的形成，形成恶性循环。尿路感染： 细菌、感染产物等可以作为结石形成的核心，促使尿中晶体附着沉积。例如，大肠杆菌感染后，细菌可以分解尿素产生氨，使尿液pH值升高，从而促进磷酸镁铵及磷酸钙结石的形成。同时，感染引起的炎症反应会导致局部组织损伤，为结石的形成创造了条件。
三、生活方式与环境因素影响
饮水不足： 每天饮水量过少会导致尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度相对升高，容易形成结晶，增加结石形成的风险。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以保证尿液充分稀释。如果喝水少，尿液中的矿物质就容易析出形成结石。比如，在高温环境下工作的人，出汗多，若不及时补充水分，就更容易长结石。饮食不均衡： 长期摄入高草酸、高钙、高嘌呤的食物也会增加结石形成的几率。像菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，如果摄入过多，草酸在体内代谢后经尿液排出，就可能与钙结合形成草酸钙结石。而动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，嘌呤代谢后产生尿酸，尿酸过多就容易形成尿酸结石。