肛瘘的治疗主要以手术为主，一般通过手术将瘘管切开或切除，从而达到治愈的目的。手术方式有多种，具体选择需根据肛瘘的类型等因素决定，手术费用大概在几千元到上万元不等。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘。手术是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术相对简单，术后恢复时间一般在几周左右。挂线疗法：多用于高位肛瘘。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线时不会造成肛门失禁，因为橡皮筋缓慢切割，在切割的同时，局部组织有代偿性生长，不会引起肛门失禁。一般挂线后10 - 14天橡皮筋会脱落。
非手术治疗情况
药物辅助：在手术前后可使用抗生素来控制感染，如头孢类抗生素等，但药物不能根治肛瘘，只能起到辅助作用。不过，药物治疗一般适用于急性期感染等情况，不能替代手术。坐浴：可以用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，能清洁肛门局部，促进血液循环，缓解症状，但不能治愈肛瘘。坐浴时水温要适宜，一般37 - 42℃左右，每次坐浴时间15 - 20分钟。
术后护理要点
伤口清洁：术后要保持伤口清洁，按时换药，防止伤口感染。换药时要注意观察伤口愈合情况，如果发现伤口有红肿、渗液等异常情况要及时处理。饮食调整：术后应避免食用辛辣、刺激性食物，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，防止便秘或腹泻影响伤口愈合。一般每天要保证摄入足够的蔬菜，如绿叶蔬菜不少于500克等，以促进肠道蠕动。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不宜长时间卧床，可适当进行散步等轻度活动，有利于伤口恢复。一般术后2 - 3天就可以适当下床活动。