肛瘘的治疗主要以手术为主，一般通过手术切开或切除瘘管来达到治愈目的。手术方式有多种，具体选择需根据肛瘘的类型等情况而定，通常手术成功率较高，但术后也需注意护理等。
手术治疗方式
肛瘘切开术：适用于单纯性低位肛瘘，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术相对直接，能彻底清除病灶。挂线疗法：多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线过程中不会造成肛门失禁，因为橡皮筋缓慢切割，在切割的同时，局部组织有纤维组织生长，逐渐勒开瘘管，不会引起括约肌突然断裂回缩。
非手术治疗情况
局部坐浴：可以用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，能清洁肛门局部，改善血液循环，缓解症状，但非手术治疗一般只能作为辅助手段，不能彻底治愈肛瘘。药物消炎：在急性发作期，可使用抗生素类药物控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗不能根治肛瘘，只是暂时缓解炎症等症状。
术后注意事项
创面护理：术后要保持肛门局部清洁，按时进行伤口换药，观察伤口愈合情况。一般每天或隔天需要换药，确保创面从基底部开始生长，防止假性愈合。饮食调整：术后应避免吃辛辣、刺激性食物，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免大便干结对伤口造成摩擦，影响愈合。一般建议每天保证摄入足够的蔬菜，如绿叶蔬菜不少于500克等，以促进肠道蠕动。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也需要适当活动，促进血液循环，利于伤口恢复。一般术后前几天以休息为主，之后可逐渐增加活动量，但要避免长时间站立或久坐。