三个月宝宝流清水鼻涕多因受凉感冒致风寒阻碍气机。可采取如下方式处理，严重时要及时就诊治疗：
一、毛巾热敷：
1.当三个月宝宝流清水鼻涕时，家长可用干净毛巾或纱布蘸热水后拧干并层层裹好，放于宝宝鼻根处，但因婴儿皮肤娇嫩，需注意防烫伤。
2.每晚还可给宝宝温水泡脚，有助于去除宝宝身上的寒气。
二、局部按摩：
三个月宝宝流清水鼻涕可进行按摩治疗，通常对合谷穴、涌泉穴、曲池穴等部位进行按摩，能较好地疏通经络，利于缓解流清水鼻涕症状。
三、及时就诊：
若宝宝症状严重，应及时去医院，可在医生指导下服用疏风散寒的药物，如小柴胡颗粒、小儿感冒颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒等中成药，有助于病情恢复。另外，家长需注意根据天气变化及时添加衣物，以免加重病情。
总之，对于三个月宝宝流清水鼻涕的情况，要根据具体症状选择合适的处理方法，必要时及时就医。