三个月宝宝流清水鼻涕主要是由受凉感冒致风寒阻碍气机引起。可通过如下方式处理，症状严重则需及时就诊治疗：
一、毛巾热敷：当三个月宝宝流清水鼻涕时，家长可用干净毛巾或纱布蘸热水后拧干层层裹好，放于宝宝鼻根处，但因婴儿皮肤娇嫩要注意防烫伤；另外，可每晚给宝宝温水泡脚，有助于驱除其身上寒气。
1.（1）毛巾的选择要干净。
2.（2）热水温度要适宜。
二、局部按摩：可对三个月宝宝进行按摩治疗，通常按摩合谷穴、涌泉穴、曲池穴等部位，能较好地疏通经络，对缓解宝宝流清水鼻涕症状有帮助。
1.（1）合谷穴的位置及按摩方法。
2.（2）涌泉穴的位置及按摩方式。
3.（3）曲池穴的位置及按摩要点。
三、及时就诊：若宝宝症状严重，应及时去医院，可在医生指导下服用疏风散寒的药物，如小柴胡颗粒、小儿感冒颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒等中成药，利于病情恢复。同时，家长需注意根据天气变化及时给宝宝添加衣物，以免加重病情。
总之，对于三个月宝宝流清水鼻涕的情况，要根据具体情况选择合适的处理方法，严重时及时就医，日常注意护理。