小儿咳嗽反复发烧通常是由多种原因引起的，比如感染因素，其中最常见的是病毒感染，像呼吸道合胞病毒、流感病毒等感染，有数据显示在儿童呼吸道感染中，病毒感染占比能达到60% - 70%左右；其次是细菌感染，如肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等感染也会导致小儿出现咳嗽反复发烧的情况。
感染性因素相关
病毒感染：
上呼吸道病毒感染：像普通感冒，多由鼻病毒等引起，除了咳嗽、反复发烧外，还可能伴有鼻塞、流涕等症状，一般病程在3 - 7天左右，但容易反复发烧。下呼吸道病毒感染：比如支气管炎，呼吸道合胞病毒感染引起的毛细支气管炎，多见于2岁以下小儿，除了咳嗽、反复发烧，还会有喘息等表现。
细菌感染：
肺炎链球菌肺炎：孩子会出现高热、咳嗽，咳嗽多为脓性痰，体温可高达39 - 40℃，而且容易反复发烧，经抗生素治疗后体温会逐渐下降，但需要规范用药疗程。葡萄球菌肺炎：起病较急，高热、咳嗽明显，可伴有脓血痰，反复发烧情况较为常见，病情相对较重。
非感染性因素相关
过敏因素：
过敏性咳嗽伴发热：如果小儿是过敏体质，接触过敏原后，如花粉、尘螨等，会出现咳嗽，同时可能伴有轻度发热，一般脱离过敏原后，经过抗过敏治疗症状会缓解，但如果再次接触过敏原，又可能复发。支气管哮喘合并感染：本身有哮喘的小儿，在接触过敏原等情况下，容易诱发哮喘发作，出现咳嗽，同时可能合并感染导致反复发烧，需要同时针对哮喘和感染进行治疗。
其他因素：
环境因素：长期处于空气污染严重的环境中，小儿呼吸道容易受到刺激，出现咳嗽，并且可能因为呼吸道抵抗力下降而反复发烧。比如在雾霾天气较多的地区，小儿咳嗽反复发烧的几率相对较高。自身免疫性疾病：虽然相对少见，但像幼年特发性关节炎等自身免疫性疾病，也可能出现咳嗽、反复发烧的情况，同时还可能有关节疼痛、皮疹等其他表现，需要进一步检查自身抗体等明确诊断。