阵发性睡眠性血红蛋白尿是一种罕见的获得性造血干细胞克隆性疾病，其发病主要与基因突变有关。约半数以上患者存在PIG - A基因的突变，该基因突变会导致糖基磷脂酰肌醇（GPI）锚合成障碍，使得红细胞、粒细胞和血小板等表面缺乏GPI锚连蛋白，如衰变加速因子、反应性溶血膜抑制物等，从而引发一系列症状。
发病的遗传因素相关情况
基因突变是关键： 研究发现，阵发性睡眠性血红蛋白尿患者体内存在PIG - A基因的体细胞突变。这种突变多发生在造血干细胞水平，由于PIG - A基因的突变，影响了GPI锚的合成过程。正常情况下，GPI锚可以连接多种蛋白质到细胞表面，当它合成障碍时，就会导致血细胞功能异常。例如，红细胞表面缺乏相关蛋白后，容易受到补体的攻击而发生溶血。
免疫系统相关影响
补体系统异常激活： 因为缺乏GPI锚连蛋白，红细胞等细胞对补体的抵抗能力下降。补体系统被异常激活后，会攻击红细胞，导致红细胞破裂，出现血红蛋白尿等症状。正常人体的补体系统有自身的调节机制来维持平衡，而在阵发性睡眠性血红蛋白尿患者体内，这种平衡被打破，补体持续过度激活，不断破坏红细胞。
造血干细胞层面的因素
造血干细胞克隆优势： 患者体内存在携带PIG - A基因突变的造血干细胞克隆，这些克隆的造血干细胞具有增殖优势。它们产生的血细胞都带有PIG - A基因突变导致的缺陷，使得异常血细胞在骨髓中大量增殖，逐渐取代正常的造血干细胞功能。随着时间推移，异常血细胞所占比例越来越高，从而引发阵发性睡眠性血红蛋白尿的一系列临床表现，像长期的血红蛋白尿、贫血、血栓形成等症状逐渐显现出来。