通常不存在“绍兴最好的男科医院哪家好”这样的绝对说法，患者应依据自身实际状况来挑选适宜的医院进行就诊。在绍兴，比较出色的男科医院包括绍兴市立医院、绍兴市上虞中医医院以及绍兴第二医院。
一、绍兴市立医院：这是绍兴文理学院的直属附属医院，即绍兴文理学院附属医院（绍兴市立医院）。其按三级甲等综合性医院的标准建设，是集医疗、科研、教学、预防、康复等于一体的医院，和绍兴市第一医疗集团（总院）实行一体化运行，且与绍兴市人民医院有着一体化、同质化的管理。医院的环境优美，依山傍水，学科设置较为齐全，开设有急诊科（EICU）、重症监护室（ICU）、外科、内科、妇科、儿科、中医科、康复科、口腔科、体检中心等40个临床科室，同时具备医学检验中心、放射影像中心、内镜中心、病理科、超声影像科、药剂科等8个医技科室以及4个研究所。
二、绍兴市上虞中医医院：绍兴市上虞中医医院属于一所集医疗、教学、科研、保健、康复为一体的国家三级甲等中医医院。其始建于1979年，在1996年进行了易地新建，到2018年正式成为浙江大学医学院附属邵逸夫医院绍兴院区。该医院是浙江大学医学院附属邵逸夫医院绍兴院区、浙江省中医院上虞分院、浙江省中山医院上虞分院，也是上海市第六人民医院的合作医院、浙江省肿瘤医院的合作医院，同时还是浙江中医药大学、绍兴文理学院医学院、江西中医药大学的教学医院，并且荣获浙江省平安医院、浙江省绿色医院、绍兴市文明单位等称号。
三、绍兴第二医院：绍兴第二医院始建于1910年，最初名为绍兴福康医院，当下是绍兴市建院历史悠久的一家集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的三级乙等综合性医院，是浙大一院绍兴分院、绍兴文理学院附属第二医院，也是全省10余所高等医学院校的教学医院。医院始终坚定“厚德求精，福康泽民”的办院理念，秉持“病人利益至上”的核心价值观，以建设与百年老院历史地位相匹配、与绍兴经济社会发展水平相适应的现代化三级甲等医院以及人民满意医院为目标。
总之，患者可根据自身情况灵活选择医院前往就诊。