肠胃炎的用药需根据具体症状来选择。一般来说，若出现腹泻症状，可使用蒙脱石散等止泻药物，它能在肠道内形成保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻作用，通常可较快缓解腹泻情况。
止泻类药物
蒙脱石散： 这是常用的止泻药，它不进入血液循环系统，会覆盖在肠道表面，对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，从而达到止泻效果。一般成人每次服用1袋（3克），儿童根据年龄有所不同，1岁以下每日1袋，分3次服用；1 - 2岁每日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上每日2 - 3袋，分3次服用。黄连素： 具有一定的抑菌作用，对于细菌感染引起的肠胃炎导致的腹泻有一定疗效。它能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌等有抑制作用。成人一般每次服用0.3 - 0.4克，每日3次。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡。它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等有益菌，这些有益菌能在肠道内生长、繁殖，抑制有害菌的生长，改善肠道功能。成人一般每次服用2 - 3片，每日3次。枯草杆菌二联活菌颗粒： 也能调节肠道菌群，其中含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。儿童用药较为常见，6个月以下婴儿一次1袋（1克），每日2次；6个月至3岁幼儿一次1袋（1克），每日3次；3 - 12岁儿童一次2袋（2克），每日2 - 3次。
缓解腹痛类药物
颠茄片： 能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解腹痛症状。它通过阻断M胆碱受体，解除平滑肌痉挛，抑制腺体分泌。成人一般一次服用1 - 2片，每日3次。但青光眼患者禁用，孕妇及哺乳期妇女慎用。山莨菪碱片： 同样可以缓解胃肠道平滑肌痉挛引起的疼痛。它是M胆碱受体阻断剂，能松弛平滑肌，解除血管痉挛（尤其是微血管），改善微循环。成人常用量每次5 - 10毫克，每日3次。反流性食管炎、重症溃疡性结肠炎患者慎用。