目前并没有充分科学依据证实蜂蜜水兑醋减肥法能稳定有效减肥。从能量平衡角度看，减肥的关键是摄入能量少于消耗能量，单纯依靠蜂蜜水兑醋不一定能达成长期且健康的能量负平衡。
营养成分角度
蜂蜜主要提供碳水化合物等，醋含一些有机酸等，但仅靠它们无法满足人体全面营养需求，长期单一依赖可能导致营养不均衡，影响身体正常代谢功能。比如长期缺乏蛋白质等营养，会使身体基础代谢率下降，反而不利于减肥。
对肠胃的影响
蜂蜜水兑醋可能刺激胃肠道。对于肠胃功能较弱的人群，如本身有胃炎、胃溃疡的人，酸性的醋和高糖的蜂蜜可能加重肠胃不适，影响消化吸收，进而干扰身体正常的代谢调节，不利于健康减肥。
个体差异方面
不同人群身体状况不同，代谢率、基础体质等有差异。比如年轻人和老年人，年轻人代谢相对快些，但也不能仅靠蜂蜜水兑醋减肥；女性在生理期等特殊时期，身体状态不同，此方法对她们减肥的影响也不同，可能会出现不适反应。
健康风险隐患
长期采用蜂蜜水兑醋减肥法可能带来健康风险。过度依赖这种方式可能导致身体电解质失衡等问题，而且它不能替代科学的饮食和运动减肥方式，科学的减肥应是均衡饮食搭配适量运动，而不是寄希望于这种缺乏充分证据的偏方。特殊人群如孕妇、有严重慢性疾病的人更不能随意尝试，以免对自身健康造成不可挽回的损害。