目前并没有足够的科学研究证实蜂蜜水兑醋减肥法能稳定、可靠地达到减肥目的。从能量平衡角度看，减肥的关键是摄入的能量少于消耗的能量，而单纯依靠蜂蜜水兑醋很难从根本上实现长期有效的能量负平衡来达成减肥目标。
营养摄入方面
蜂蜜主要提供糖分等能量物质，醋的主要成分是醋酸等，二者搭配的饮品并不能提供全面均衡的营养，长期单一依赖可能导致营养摄入不均衡，影响身体正常代谢功能。对于不同年龄人群，比如儿童正处于生长发育阶段，需要充足多样的营养，这种不合理的减肥方式更不可取；成年人若长期用此方法，也会因营养缺乏出现诸如免疫力下降等问题。
对代谢的影响
没有证据表明蜂蜜水兑醋能显著加快基础代谢率。基础代谢率受多种因素影响，如肌肉量、甲状腺功能等，而该饮品无法针对性地对这些影响基础代谢率的关键因素产生积极且有效的调节作用。对于有基础疾病的人群，比如糖尿病患者，蜂蜜中的糖分可能会引起血糖波动，加重病情；胃肠功能不佳者，醋可能刺激胃肠道，引发不适症状。
长期效果风险
这种非科学的减肥方式难以长期坚持，一旦停止，很可能出现体重反弹情况。而且过度关注这种不科学的减肥方法，可能会让人忽视健康的运动和合理饮食等真正有效的减肥途径。比如健康的运动可以增加肌肉量，提高基础代谢，长期坚持对减肥和维持健康体态有益；合理饮食能保证身体获取充足营养的同时控制能量摄入。总之，不建议将蜂蜜水兑醋减肥法作为减肥的主要手段，应选择科学合理的减肥方式，如结合适量运动与均衡饮食来达成健康减肥的目标。