毛囊炎的治疗药物需根据病情等因素选择，一般常用的有抗生素类药物等。比如细菌感染引起的毛囊炎，可使用莫匹罗星软膏等外用抗生素；严重的还可能需要口服抗生素，像头孢类抗生素等。
外用药物方面
轻度毛囊炎外用：如果毛囊炎症状比较轻，只是局部有少量的红色丘疹、脓疱等，可选用外用抗生素药膏。例如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌蛋白质合成，从而起到杀菌消炎的作用，直接涂抹在患处即可。中度毛囊炎外用：对于中度的毛囊炎，除了莫匹罗星软膏，还可以考虑夫西地酸乳膏。夫西地酸对与皮肤感染有关的各种革兰阳性球菌尤其对葡萄球菌高度敏感，能有效针对毛囊炎的致病菌发挥作用。
口服药物情况
细菌感染较重时口服：当毛囊炎是由细菌感染且病情较重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢拉定，它属于第一代头孢菌素，主要针对革兰阳性菌等引起的感染，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，但使用前需要确认患者不对头孢类药物过敏。真菌感染引起的毛囊炎口服：如果是真菌感染导致的毛囊炎，那就要使用抗真菌药物。像伊曲康唑胶囊，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢过程，从而发挥抗真菌作用，但孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝病的患者要慎用。
特殊人群用药注意
儿童毛囊炎用药：儿童患毛囊炎时，外用药物相对更安全，比如儿童可以使用低浓度的莫匹罗星软膏。而口服药物需格外谨慎，一般不轻易使用口服抗生素，必须使用时要在医生严格指导下，根据儿童的体重等情况来选择合适的药物及剂量，避免影响儿童生长发育等。孕妇毛囊炎用药：孕妇出现毛囊炎时，外用药物相对更安全，如可以选择外用的红霉素软膏等。口服药物要非常慎重，因为很多口服药物可能会通过胎盘影响胎儿，必须在医生充分评估孕妇病情和胎儿情况后，权衡利弊才能决定是否使用口服药物以及选择何种药物。