宫颈纳氏囊肿通常是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果伴有其他宫颈炎症等情况，可能需要相应处理。一般来说，约80%的女性在一生中会有不同程度的宫颈纳氏囊肿，多数情况下无需过度担忧。
无症状时的观察
多数无需干预： 当宫颈纳氏囊肿较小且没有引起任何不适症状时，通常不需要进行治疗，只需要定期进行妇科检查，一般建议每年做一次妇科检查及宫颈TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV（人乳头瘤病毒）检测，观察囊肿的变化情况即可。孕期的观察： 孕妇发现宫颈纳氏囊肿时，也大多只需观察，因为孕期身体状况特殊，一般不做特殊处理，待产后再根据具体情况决定是否需要干预。
伴有炎症时的治疗
药物治疗炎症： 如果宫颈纳氏囊肿是由于宫颈慢性炎症引起，且同时有白带增多、色黄等炎症表现时，可能需要针对炎症进行药物治疗。比如存在细菌感染导致的炎症，可能会使用一些抗生素类药物，像头孢类抗生素等，但具体用药需由医生根据炎症的具体情况来开具，不能自行随意用药。物理治疗方法： 当囊肿较大或合并感染等情况时，可能会采用物理治疗。例如激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液排出，从而达到治疗目的；还有冷冻治疗，通过低温使囊肿组织坏死脱落。不过物理治疗要注意选择合适的时机，比如避开月经期等。
手术治疗情况
极少数需手术： 虽然宫颈纳氏囊肿需要手术治疗的情况很少，但如果囊肿很大，或者怀疑有其他病变时，可能会考虑手术切除。比如通过宫颈囊肿造口术，将囊肿切开，排出囊液后进行相应处理。不过手术治疗相对来说创伤比前两种方法大一些，术后也需要注意恢复等情况。