扁桃体发炎主要是由细菌和病毒感染引起的，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌。比如，在儿童和青少年中，有50%左右的扁桃体发炎是由A组乙型溶血性链球菌感染导致的。
感染源方面的原因
细菌感染： 最常见的细菌就是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。这些细菌通常是通过空气飞沫传播，或者是接触了被污染的物品后，进入人体并感染扁桃体。比如在学校、幼儿园等人员密集的场所，细菌很容易在人群中传播，从而导致很多人出现扁桃体发炎的情况。病毒感染： 多种病毒都可能引起扁桃体发炎，像腺病毒、鼻病毒、流感病毒等。病毒感染往往具有较强的传染性，比如流感病毒流行时，很多人会因为感染流感病毒而并发扁桃体发炎。而且病毒感染引起的扁桃体发炎，一般起病相对较急，症状可能包括发热、咽痛等。
自身抵抗力因素
免疫力低下时易发病： 当人体的免疫力下降时，比如过度疲劳、睡眠不足、营养不良等情况，就更容易受到细菌和病毒的侵袭，从而引发扁桃体发炎。例如，长期熬夜的人，身体的免疫力会降低，扁桃体就更容易受到感染。儿童由于免疫系统还没有完全发育成熟，相对成年人来说免疫力更弱，所以儿童患扁桃体发炎的几率也会更高一些。存在基础疾病影响： 如果本身患有一些慢性疾病，像糖尿病、艾滋病等，会影响人体的免疫系统功能，使得身体抵御病原体的能力下降，进而增加扁桃体发炎的发生风险。比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力会受到影响，容易反复出现扁桃体发炎的情况。
环境因素影响
气候环境变化： 当气温突然变化，比如寒冷的天气里，人体的呼吸道黏膜血管会收缩，局部免疫力下降，这就为细菌和病毒的入侵创造了条件，容易引发扁桃体发炎。例如在季节交替的时候，气温不稳定，很多人就会因为不适应而患上扁桃体发炎。空气污染严重： 长期处于空气污染较为严重的环境中，空气中的有害颗粒、细菌等会刺激扁桃体，导致扁桃体的防御功能受到影响，增加扁桃体发炎的发生概率。比如在工业污染比较严重的地区，或者是雾霾天气较多的时候，扁桃体发炎的发病率会相对高一些。