扁桃体发炎主要是由细菌和病毒感染引起的。其中，A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体细菌感染的常见致病菌，而病毒感染中，像鼻病毒、腺病毒等都可能导致扁桃体发炎，儿童时期扁桃体发炎的发生率相对较高，据统计，5 - 15岁的儿童扁桃体发炎较为常见。
细菌感染引发扁桃体发炎
A组乙型溶血性链球菌感染：这种细菌会附着在扁桃体的鳞状上皮细胞上，然后大量繁殖，引发炎症反应，使扁桃体出现红肿、疼痛等症状，严重时可能还会有化脓的情况。葡萄球菌感染：金黄色葡萄球菌等葡萄球菌也能引起扁桃体发炎，它们会侵入扁桃体组织，导致局部的炎症病变，让患者感觉扁桃体部位不适。
病毒感染引发扁桃体发炎
鼻病毒感染：鼻病毒是引起普通感冒的主要病原体之一，当人体感染鼻病毒后，病毒可累及扁桃体，导致扁桃体发炎，常伴有鼻塞、流涕等感冒相关症状。腺病毒感染：腺病毒感染也容易引发扁桃体发炎，患者除了扁桃体红肿外，还可能出现发热、咳嗽等症状，而且腺病毒感染引起的扁桃体发炎有时病情可能相对较重，病程也可能较长。
自身免疫力因素影响
免疫力低下时易发病：当人体的免疫力下降时，比如过度疲劳、睡眠不足、营养不良等情况发生时，原本存在于扁桃体隐窝内的细菌和病毒就容易大量繁殖，从而引发扁桃体发炎。例如，长期熬夜的人相对于作息规律的人，扁桃体发炎的几率会更高一些。儿童免疫力不完善更易受影响：儿童的免疫系统还处于发育阶段，相对较弱，所以儿童比成年人更容易受到细菌和病毒的侵袭而引发扁桃体发炎，尤其是在季节交替、气温变化较大的时候，儿童扁桃体发炎的情况更为多见。