灰指甲主要通过药物治疗，常用的外用药物有阿莫罗芬搽剂等，一般需要连续使用数月。比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，坚持使用3-6个月可能有效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次。环吡酮胺乳膏： 也是外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，来影响真菌的代谢过程。可直接涂抹在病甲处，一天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑衍生物，具有广谱抗真菌作用。采用冲击疗法，即冲击治疗为每日2次，每次200mg，连用7日为一个疗程。停药3周后开始第二个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但使用伊曲康唑前需要检查肝功能，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬： 是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。成人常用剂量是每日250mg，口服。疗程取决于灰指甲的严重程度，一般手指甲癣需要服用6 - 12周，脚趾甲癣需要服用12 - 16周。不过，肝功能不全者也要谨慎使用。
手术治疗
拔甲术： 过去常用拔甲的方法治疗灰指甲，但现在已较少单独使用。拔甲后需要外用抗真菌药物巩固治疗。不过，拔甲会比较疼痛，而且甲床暴露后容易受到感染，术后恢复需要一定时间。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌的生存环境。激光治疗相对无创，痛苦较小，但可能需要多次治疗才能取得较好的效果，而且费用相对较高。
日常护理要点
保持足部干燥： 灰指甲多与足部潮湿有关，所以要勤换鞋袜，尽量选择透气性好的鞋子，让脚部保持干燥，这样可以抑制真菌的生长繁殖。比如每天更换袜子，鞋子在太阳下晾晒杀菌。避免共用生活用品： 不要与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等生活用品，防止交叉感染。因为灰指甲具有传染性，通过共用这些物品很容易将真菌传染给他人。