灰指甲主要通过药物治疗，常用的外用药物有阿莫罗芬搽剂等，一般需要持续使用几个月。比如使用阿莫罗芬搽剂，通常每周使用1-2次，连续使用数月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能干扰真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次，需要持续使用数月才能看到较好效果。环吡酮胺乳膏： 也是外用抗真菌药物，可抑制真菌细胞膜的合成。使用时涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次，坚持使用对灰指甲有一定治疗作用，但要注意避免接触眼睛和其他黏膜。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种口服抗真菌药，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用数月。它能抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌功效，但肝功能不全者要慎用。特比萘芬： 同样是口服抗真菌药物，每天服用一次，连续服用数周或数月。它能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成，达到抗真菌目的，不过也有一些人服用后可能出现胃肠道不适等反应。
手术治疗
病甲清除术： 过去常用的方法是用外科手术拔除病甲，但现在较少单独使用。对于病情较轻的患者，可以在局部麻醉下将病甲拔除，不过术后要注意预防感染，而且新长出的指甲可能还会再次被感染。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲部位，破坏真菌的生存环境。激光治疗相对创伤较小，但可能需要多次治疗才能取得较好效果，不过目前关于激光治疗灰指甲的具体疗效还在进一步研究中。
日常护理要点
保持足部清洁干燥： 要经常洗脚，勤换袜子，尽量保持足部干燥，因为潮湿的环境容易滋生真菌，加重灰指甲病情。比如每天晚上用温水洗脚后，要及时擦干脚趾间的水分。避免共用鞋袜等物品： 灰指甲具有传染性，要避免与他人共用拖鞋、袜子、洗脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时也能防止自身再次感染。