月经结束后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。以下是一些可能的情况：
1.安全期避孕：一般来说，月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天加在一起称为排卵期。月经结束后的第三天可能处于安全期，但安全期避孕并不十分可靠，因为排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生改变。
2.额外排卵：极少数女性可能会出现额外排卵，即使在安全期也可能受孕。
3.精子存活时间：精子在女性体内可能存活数天，等待受孕机会。
如果您担心怀孕，可以考虑以下措施：
1.紧急避孕药：在性行为后72小时内服用紧急避孕药，可以降低怀孕的风险。但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，且可能会引起月经紊乱等副作用。
2.验孕：在性行为后14天左右，可以使用验孕棒或早孕试纸进行验孕。如果结果为阳性，建议进一步去医院进行确诊。
3.观察月经：如果月经按时来潮，通常可以排除怀孕。但如果月经推迟，应及时进行验孕。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理周期都有所不同，以上信息仅供参考。如果您对避孕或怀孕有更详细的问题，建议咨询医生或计划生育专业人士，他们可以根据您的具体情况提供更准确和个性化的建议。此外，无论是否处于安全期，性行为时使用避孕措施是保护自己和他人的重要方式。