益母草颗粒在临床上有一定的应用，但也可能存在一些副作用。一般来说，正常按照医嘱合理使用时副作用相对较少，但部分人可能出现胃肠道不适，比如约10%左右的人服用后可能出现恶心、呕吐等症状。
胃肠道方面的副作用
恶心症状： 部分人服用益母草颗粒后可能出现恶心感，尤其是空腹用药时更容易发生。比如有研究观察到，约有8% - 12%的人在服用益母草颗粒后会出现不同程度的恶心表现，这种恶心可能较轻，仅为胃部不适的感觉，也可能较明显，影响食欲。呕吐情况： 少数人服用后可能出现呕吐，虽然发生概率相对较低，大约在1% - 3%左右，但一旦出现呕吐，可能会影响药物的继续使用。一般呕吐程度轻重不一，有的可能是少量胃内容物吐出，有的可能呕吐较为剧烈。
对月经相关的影响副作用
月经量变化： 个别人服用益母草颗粒后可能出现月经量异常改变。比如原本月经量正常的女性，服用后可能出现月经量增多，有研究发现约有5% - 8%的人可能出现这种情况，表现为月经期间经量较以往明显增多，出血时间可能延长；也有少数人可能出现月经量减少的情况，但相对较少见。月经周期改变： 极个别人服用后可能影响月经周期，导致月经周期提前或推迟。不过这种情况发生概率较低，大约在1% - 2%左右，月经周期提前或推迟的幅度一般在3 - 7天左右，但也有个别可能幅度稍大。
其他可能的副作用
过敏反应： 虽然较为罕见，但也有出现过敏的可能。比如皮肤可能出现瘙痒、皮疹等表现，严重的可能出现过敏性荨麻疹，皮肤出现大片的风团样皮疹，还可能伴有瘙痒加剧。据统计，过敏反应的发生概率大约在0.5%以下，但一旦发生需要及时停药并进行相应的抗过敏治疗。对血压的影响： 个别体质特殊的人服用后可能出现血压波动，比如原本血压正常的人可能出现血压轻度升高，不过这种情况非常少见，发生概率极低，可能不足0.1%。但如果本身有高血压病史的人服用时需要密切监测血压变化。