鼻窦炎常用的药物主要有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，急性鼻窦炎在规范用药下多能较好控制，部分患者可较快恢复。
抗生素类药物
青霉素类抗生素： 如阿莫西林，适用于革兰阳性菌及部分革兰阴性菌感染引起的鼻窦炎。不过对青霉素过敏者禁用。一般用于轻度的细菌性鼻窦炎初期。头孢菌素类抗生素： 像头孢克洛，对多种细菌有抗菌活性。可用于治疗鼻窦炎，常见的不良反应有胃肠道反应，如腹泻、恶心等。对头孢菌素过敏者禁用。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般建议成人及6岁以上儿童使用，使用时要注意正确的喷鼻方法，部分人使用后可能会出现鼻黏膜刺激感等。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 也可用于鼻窦炎的治疗，适用于成人、青少年和3 - 11岁儿童。使用时同样要注意正确操作，可能会有鼻咽部干燥等不适。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻窦内分泌物排出，改善鼻窦通气。成人一般一次0.3克，一日3 - 4次；儿童需根据年龄和体重调整剂量，不良反应较少，偶有胃肠道不适等。标准桃金娘油肠溶胶囊： 能调节黏液分泌，并促进纤毛运动，帮助排出黏液。成人常用剂量为一次300毫克，一日2 - 3次，儿童用药需遵医嘱，可能会有胃肠道反应等。
其他药物
减充血剂： 如麻黄碱滴鼻液，可缓解鼻塞症状，但连续使用一般不超过7天，长期使用可能会引起药物性鼻炎等不良反应，儿童使用要谨慎。抗组胺药： 对于伴有过敏因素的鼻窦炎患者，如氯雷他定，能缓解打喷嚏、流涕等过敏相关症状。但可能会有嗜睡等不良反应，驾驶员等需要保持清醒的人群使用时要注意。