口腔溃疡可以使用局部用药来缓解，比如西瓜霜喷剂，一般喷后1~2天能起到一定的止痛、促进愈合作用。
局部外用药
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常用的，它能杀菌消炎，抑制口腔内细菌生长，帮助减轻口腔溃疡的炎症反应，通常一天含漱3~4次，每次含漱10~30秒。含片： 西地碘含片也可用于口腔溃疡，它能在唾液作用下缓慢释放出碘，起到杀菌抗感染的效果，一次含服1片，一天3~5次。
促进愈合类药物
溃疡贴： 醋酸地塞米松粘贴片属于糖皮质激素类溃疡贴，能减轻炎症反应，促进溃疡面愈合，但不宜长期使用，一般连续使用不超过7天。凝胶类： 重组人表皮生长因子凝胶能促进口腔黏膜细胞的增殖、迁移，加快溃疡愈合，清洁口腔后取适量凝胶涂抹于溃疡处，一天使用4次左右。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶： 对于疼痛明显的口腔溃疡患者，可在进食前少量涂抹利多卡因凝胶，能起到暂时止痛的作用，不过不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶： 同样有止痛效果，能缓解口腔溃疡带来的刺痛感，但使用时要注意，儿童使用需谨慎，避免过量使用。
口服类辅助药物
维生素类： 当口腔溃疡是因缺乏维生素引起时，可口服维生素B₂、维生素C等。一般维生素B₂一次1~2片，一天3次；维生素C一次1片，一天3次。但要注意，不能过量服用，长期大剂量服用维生素C可能会有副作用。免疫调节剂： 对于反复发生且症状较严重的口腔溃疡患者，可能会用到免疫调节剂，如转移因子胶囊等，但这类药物需要在医生的指导下使用，医生会根据患者具体情况判断是否适合使用以及使用的剂量等。