口腔溃疡的治疗药物有多种，局部用药相对常用，比如复方氯己定含漱液，它能杀菌消炎，一般每天含漱3 - 4次，每次含漱1 - 2分钟。
局部外用药
口腔溃疡散：这是常用的局部药，直接撒在溃疡面上，能起到清热敛疮的作用，使用时要注意避免接触眼睛等黏膜部位。西瓜霜喷剂：喷在溃疡处，有消肿止痛的效果，对于轻度的口腔溃疡有一定缓解作用，但孕妇要慎用。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡愈合，一般清洁口腔后，取适量凝胶涂抹在溃疡部位，每天使用2 - 3次。康复新液：可以含漱，也能浸湿纱布后敷在溃疡处，能修复创面，含漱时每次含漱1 - 2分钟，每天3 - 4次。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶：主要用于缓解口腔溃疡带来的疼痛，在进食前涂抹少许在溃疡表面，能暂时麻痹神经，减轻疼痛，但不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶：同样是局部止痛药物，涂抹在溃疡处能快速止痛，不过儿童使用要谨慎，避免过量使用。
补充维生素类
如果是因缺乏维生素引起的口腔溃疡，可以适当补充维生素B族，像维生素B2片，一般成人每天服用3次，每次1 - 2片，但如果是长期大量服用，可能会有不良反应，所以最好在医生指导下服用。不过大部分口腔溃疡通过局部用药等方式就能得到较好的缓解，同时要注意保持口腔清洁，清淡饮食，一般轻型的口腔溃疡在1 - 2周内会自行愈合。