治疗结膜炎选择眼药水需根据病因来定。细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，一般能在数天内缓解症状；病毒性结膜炎可使用阿昔洛韦滴眼液，通常用药后1 - 2周左右病情会逐渐改善。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 主要针对由敏感菌引起的细菌性结膜炎，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。使用时要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用，且一般不建议18岁以下儿童常规使用，除非没有其他更合适的药物。妥布霉素滴眼液： 也是治疗细菌性结膜炎的常用药，对革兰阴性菌和阳性菌都有一定抑制作用。它可用于敏感菌感染引起的结膜炎症，不过使用过程中可能会出现局部刺激症状，如眼部灼烧感等，若症状明显需及时停药就医。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 专门针对病毒性结膜炎，它能选择性抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，阻止病毒DNA合成，进而达到抗病毒效果。儿童使用时需在医生指导下谨慎应用，因为儿童的肝肾功能发育尚不完善，药物代谢可能与成人不同。更昔洛韦滴眼液： 同样用于病毒性结膜炎的治疗，作用机制是竞争病毒DNA多聚酶，抑制病毒DNA合成。使用该眼药水时要注意观察眼部反应，如出现过敏等异常情况应立即停药。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 适用于过敏性结膜炎，它能选择性地结合组胺H1受体，阻断组胺引起的过敏反应。一般成人及12岁以上儿童可以使用，使用时要注意避免污染药瓶，防止眼部继发感染。色甘酸钠滴眼液： 可用于预防春季过敏性结膜炎等过敏性眼病，它能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质的释放。儿童使用时需在医生指导下调整剂量，因为儿童的用药安全性和有效性需要特别评估。