眼睛结膜炎的眼药水选择需根据病因来定。一般细菌性结膜炎可选用左氧氟沙星滴眼液等，这类眼药水能有效抑制细菌生长，通常使用后数天内症状会有改善；病毒性结膜炎可考虑更昔洛韦滴眼液，一般用药后1 - 2周左右能缓解症状。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 它是喹诺酮类抗生素眼药水，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而达到杀菌作用。一般细菌性结膜炎患者使用后，能较快减轻眼部红肿、分泌物多等症状，但要注意对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 属于氨基糖苷类抗生素，对多种革兰氏阴性菌和阳性菌有抗菌活性。使用时需注意，长期大量使用可能会引起二重感染，儿童使用时要谨慎观察。
病毒性结膜炎适用眼药水
更昔洛韦滴眼液： 是抗病毒药物，能竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒DNA中，终止病毒DNA链的延伸，起到抗病毒作用。病毒性结膜炎患者使用后，可缓解眼睛疼痛、怕光等症状，但孕妇及哺乳期妇女使用需咨询医生。阿昔洛韦滴眼液： 同样是抗病毒药物，通过干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。使用过程中可能会出现局部灼烧感等不适，儿童使用时要在医生指导下进行。
过敏性结膜炎适用眼药水
色甘酸钠滴眼液： 主要是通过稳定肥大细胞细胞膜，抑制肥大细胞脱颗粒，阻止过敏介质释放，从而预防和治疗过敏性结膜炎。它起效相对较慢，一般需要连续使用几天才能看到较好效果，对色甘酸钠过敏者禁用。富马酸依美斯汀滴眼液： 是组胺H1受体拮抗剂，能选择性地阻断组胺H1受体，缓解过敏性结膜炎的症状，如眼痒、红肿等。使用时可能会出现头痛等不良反应，驾驶员等特殊人群使用前要咨询医生。